先是康熙十九年（公元1680年）,清福建水师提督万正色运用妈祖信仰对明郑官兵发动心理攻势,谓妈祖夜间赐梦,庇佑清兵,诱降了郑军大将朱天贵。

     接着,康熙二十一年,施琅任福建水师提督,奉旨征台。他手下两位主将,水师朱天贵、陆军吴英,都是莆田人,对妈祖特别崇信。施琅选莆田的平海为海军基地,并大肆散布妈祖庇佑,使平海的水井突然冒涌清冽甘泉,供给其水师等种种神话传说,从而瓦解明郑军心,鼓舞自己的士气。施琅复台后,即将明宁靖王宅邸改为天妃宫,又行文水师各衙署,创天妃宫。厦门把奉妈祖的朝天宫（又名上宫）,即在此时由施琅捐俸劝募重建,成为厦门最大的妈祖庙。

     以后,清军在镇压朱一贵、林爽文起义中,又一再创造妈祖济师的神话,清廷也一再加封,不但"天妃",而且"天后",并多次钦赐御匾。妈祖信仰于是在有清一代大为发展,成为闽台民间主要的神明之一。

     据道光年间编撰的《厦门志》载,其时厦门岛内共有宫庙66座,单独奉祀妈祖的就有西门外的朝天宫、东坪社的妈祖宫、厦门港的福海宫、草仔？？海边的龙泉宫、先锋营的平台官、火仔？？的寿山宫、鼓浪屿三丘田的三和宫、寮仔后海滨的潮源宫、斗涵的灵惠宫

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