１７６６年，清高宗乾隆皇帝册封六世班禅，赐册、印，并下旨褒奖。

　　此时英帝国已开始觊觎西藏。１７７４年，英驻印总督哈斯汀派遣英国入波格尔到日喀则晤见六世班禅大师，提出“自由通商”、在拉萨设立使馆等无理要求。六世班禅大师正告波格尔，西藏属中国领土，一切湎听命于中国皇帝。致使波格尔一无所获，悻悻而归。

　　１７８０年为清高宗７０寿辰，六世班禅大师应邀赴京晋见。１７７９年夏，班禅大师一行２０００多人，从札什伦布寺启程，于次年夏天抵达清帝行宫承德避暑山庄。为迎接六世班禅，清高宗特命仿札什伦布寺形制建须弥福寿庙，供班禅一行人居停。

　　六世班禅在承德参加了祝寿仪典之后，又到北京，居于黄寺。当年农历１１月因患天花，不幸逝世。清高宗感念他笃诚远来，逝于异乡，祭礼特别隆重。并赐黄金２００多公斤铸造金塔，贮存遗体，于１７８１年，派特使护送至札什伦布寺。后又在其居住过的黄寺侧旁建衣冠冢清净化城塔。

　　七世班禅

　　七世班禅丹白尼玛七世班禅大师历经清朝四代皇帝的更迭，先后担任九世、十世、十一世达赖喇嘛的师父，德高望重。

　　１８世纪末廓尔喀人两次入侵西藏。第二次，入侵者直扑札什伦布寺，寺内财物被抢掠一空。清政府派军入藏，将入侵者全部驱逐出境，迫使廓尔喀王投降。这两次入侵，给札什伦布寺及日喀则带来了深重的灾难。战后，七世班禅大师带领僧俗励精图治，平复创伤，加上清政府的援助，至七世班禅大师晚年时，基本恢复到战前状况。

　　反击廓尔喀之战取胜后，清高宗令驻藏大臣及有关清朝官员会同达赖、班禅两方面的重要僧俗官员拟出了一套西藏*、宗教事务所依循的章程，并由他审查批准，这使是著名的《二十九条钦定章程》。认定达赖、班禅继任人选的“

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