1月6日，厦门航空台湾分公司在台北正式成立，中国国民党荣誉主席吴伯雄、海基会董事长江丙坤等亲临现场，与厦航总经理车尚轮共同出席剪彩仪式。

　　吴伯雄在致词中回忆道，2009年7月16日，时任国民党主席的他，偕同副主席蒋孝严等，在结束第五届“两岸经贸文化论坛”会议后，就是搭乘厦航MF-889航班由长沙直飞台北。当天他们夫妇两人就对厦航的优质服务留下了深刻印象，并给予高度评价，还特别题字“厦门航空服务第一”赠给厦航。

　　原厦航台湾办事处总经理庄晓晖将担任厦航台湾分公司总经理一职。他表示，台湾分公司的成立，可以使厦航更贴近当地市场实际，实现本土化营销和差异化服务；与此同时，厦航将可以自主经营客、货业务，有利于市场信息的收集、反馈，为市场经营提供更准确的经营决策。

　　厦航历来重视两岸直航，支持两岸交流。据了解，2005年，厦航首次执飞两岸春节包机，圆满完成两岸直航破冰之旅；2008年7月4日两岸周末包机开通，厦航班机成为大陆航空公司飞抵台北松山机场首架客机；2008年12月15日，厦航正式成立台湾办事处，成为第一家在台湾设立办事处的大陆航空公司。

　　2009年，两岸直航增班扩容以后，厦航开通厦门、福州、杭州和长沙4个航点，每周执行11个直航航班。

　　截至2009年底，厦航共承运两岸直航旅客15万人次。同时，通过积极参与“百万游客海峡行活动”，承运两岸“小三通”旅客1.3万人次。