寺内还设有显、宗、密宗、时轮、医明四大经院。显、密两宗经院是高级僧侣专门研究佛学教义的学府。时轮、医明两院是培养藏、蒙族天文、历书和医学人材的学府，四大经院均设有严格的学位制度。
栩栩如生的酥油花,绚丽多彩的壁画和色彩绚烂的堆绣被誉为“塔尔寺艺术三绝”,经堂内整排的藏经架上还珍藏了许多佛教典籍和历史,文学,哲学,医药,历法等方面的学术专著。

相传，1409年宗喀巴为纪念释迦牟尼，光大佛学，聚集了万名僧人于藏历正月初八至十五日在拉萨大昭寺组织了一次发愿祈祷大法会，在此期间，宗喀巴梦见荆棘变为明灯，杂草化为鲜花。为了再现梦境，他组织艺僧用酥油塑成各种花卉树木奇禽异兽，连同酥油灯一起供奉在佛前，此后一直延续了下来，称为“觉阿却巴”，意为“正月十五日供奉”。制作工艺颇为复杂和“残忍”，用牦牛奶打制的纯净的白酥油，按比例掺入各色矿物颜料，碾压揉制成几十种颜色深浅不等的胚料，去敷面、描眉、点唇，去塑花、状叶、点蕊；对那些需要特别处理的部位还进行饰金描银点缀晕染。为了防止塑制中因手温而使酥油胚料融化变形，艺僧们在室温控制在0℃的作坊里，每人身边还放置一个盛有冰块的水盆。不时浸浸冰水，抓抓冰块，从而用近乎冻得麻木的手去塑制，长此以往，每位艺僧都患有程度不同的关节病。如果没有对佛的虔诚之心对艺术的献身精神，这都是难以做到的。一架酥油花，人物禽兽百计，亭台楼阁十数，大至一两米的菩萨金刚，小至三五厘米的花鸟虫鱼，无不神形兼备栩栩如生。唯一的缺憾，就是不能长久保存。眼前的酥油花虽然傍边有功力强大的空调的呵护，但也已融化变形了。现在想想举世闻名的香港伦敦杜莎夫人蜡像并不算什么，那只是艺术

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