公元１３世纪，蒙古族进人河湟地区，推行土司制度。湟水流域各县均受制于西宁州，西宁州归设在甘州的甘肃行省管辖。成吉思汗的大力支持，蒙古王室在青海藏区推行政教合一制，僧俗并用，使藏传佛教得到空前发展。这一时期，回族大量迁人，撒拉族定居于青海东部循化街子一带。

    明朝，汉族第三次大批迁人青海。洪武六年（１３７３年），改西宁州为西宁卫。洪武十九年（１３８６年），在西宁州旧城址基础上建筑新城垣。茶马互市制度更趋完善，设立茶马司，管理内地茶叶与青海牧区马匹的交换事宜。

    ？？？？17世纪，固始汗控制青海。公元1643年冬，李自成农民军贺锦部攻下西宁，翌年贺部撤走。清顺治十年（１６５３年），清朝政府册封五世达赖喇嘛

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