经过明清之际的战火，曹溪寺再次衰败。清康熙二十九年（1690年）云贵总督范承勋游寺，得见被伐的昙花树根萌出新枝，便捐建了三间“护花山房”。云南按察使佟世雍则发动全省官员捐俸，重修曹溪寺。康熙三十三年（1694年），全寺大修竣工，范承勋和滇抚王继文（继任总督）写有碑记。佟氏除题书“天涵宝月”悬于正殿外，并建有傍花楼，写有《傍花楼记》。王继文且重修圣水三潮泉亭，亲题“吐纳灵潮”。

　　曹溪寺大殿重檐间，凿有一个直径42厘米的圆孔。民间相传，农历每年春分、秋分节令期间，月出时月光由圆孔透入，能正照在阿弥陀佛的胸前。清初所修《安宁州

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