遂昌民间广泛流传着明太祖朱元璋到过含晖洞的故事。传说，朱元璋起兵反元之初，遭到元兵追杀，单枪匹马逃到含晖洞，他拉着马尾巴，倒行避入洞内。元兵追至洞口，见洞口结满蜘蛛网，地下马蹄印朝向洞外，以为朱元璋已离开多时，就离洞往别处追去。朱元璋因此避过一劫，后来当上了明朝的开国皇帝。

遂昌古代的《县志》没有朱元璋到过含晖洞的记载。相反，《遂昌县志》多处记述宋高宗到含晖洞。清光绪《遂昌县志》卷之二《山水》记载：“含晖洞，在邑东十里，初号‘章仙洞’，以章思廉尝住此。其间可坐数十人，有棋盘遗迹。相传为宋高宗避敌之所。”卷之五《冢墓》记载：“祝妃墓，在二都落坞。宋高宗避敌难，驻跸灵泉洞。册妃祝氏，未几而卒，即葬落坞。妃世居二都祝村，御道至今犹在。”明崇祯年间，遂昌知县许启洪有《含晖洞》诗。

一树桃花半有无，问津何处影模糊。前朝传说龙曾隐，此日凭谁乌可乎。月挂松头林磬杳，烟迷柳色洞云

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