博物馆基本陈列有3个展厅，第一展厅陈列出土文物400余件，辅以照片、图表、模型，介绍了遗址的基本情况。 引人注目的是一个面积为100平方米的“七千年前河姆渡生态环境”大模型，在声、光、电的自动控制下，形象地再现了7000年前河姆渡先民过着定居生活，从事农业、狩猎等生产、生活场景，维妙维肖，栩栩如生。

　　遗址中出土的大量动物骨骼, 经鉴定属于61个动物种属。从陈列的鸟类、鱼类、爬行类及哺乳类的骨骼残片，展示了昔日的河姆渡是古林参天，水草茂密，虎吟象吼，鱼跃雁飞，一派生机盎然的动物世界,堪称7000年前的古动物王国。

　　第二展厅“稻作经济”，反映稻作农业及渔猎采集活动，展出的实物有7000年前的人工栽培稻谷及照片，稻谷芒刺清晰，颗粒饱满，令人叹为观止。此外展出的还有骨耜、木杵和石磨盘、石球等稻作经济的全套耕作、加工工具。 带炭化饭粒的陶片和以夹炭黑陶为主的釜、钵、盘、豆、盆、罐、盉 、鼎、盂等

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