从19世纪以来，塔里木河上游支流灌区农垦面积扩大，原流入塔里木河的支流，如喀什噶尔、台兰、渭干、库车、迪那、孔雀等河，现均已断流，补给来源逐渐减少。尤其是20世纪50年代以来，塔里木河沿岸大量引灌和蓄水，在不到20年的时间内,下游河道已缩短100多公里。如上述情况继续发展，轮台县以下的塔里木河也将断流。而保护塔里木盆地的自然环境。却需要发挥塔里木河的天然调水作用。为此需合理规划：①合理安排上游用水，控制农垦面积，维持阿克苏河20世纪80年代初的年补给量37亿立方米。②叶尔羌河及和田河夏季径流占年径流70％，合理规划和加强管理，可腾出部分水量补给塔里木河，估计可能各增至10～12亿立方米。③改塔里木河自然河道为渠化河道，减少渗漏蒸发，增加向东输送水量。④开采天山南坡的煤矿，利用水力资源和太阳能，解决燃料来源，保护防护林带。

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