南京工业大学于2001年5月由南京化工大学和南京建筑工程学院合并组建而成。南京化工大学的前身可追溯到1902年建立的三江师范学堂。历经三江师范学堂、两江师范学堂、南京高等师范专科学校、国立东南大学、国立中央大学和南京工学院等历史时期，1958年从南京工学院迁出建立南京化工学院，1995年4月更名为南京化工大学。南京建筑工程学院的前身是创建于1915年的同济医工学堂机师科。1933年更名为同济高级职业学校，1950年更名为南京建筑工程学校，1980年5月升格为南京建筑工程学院。

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