从唐到宋元，国清寺饱受战火之乱，至明清虽然多次重修，但仍在上世纪六十年代被夷为平地。现在的国清寺是从1991年由如东县、南通市两级政府批准，准予落实宗教政策开始筹建，到现在己有15年了。