清康熙四十七年（1708年），僧抚生重修，又建大悲阁、石戒坛。雍正七年（1729年），知县陆朝玑复“古木兰院”旧额。咸丰三年（1853年），寺毁于兵火，唯石塔、戒坛与明代楠木楼尚存。同治光绪年间，寺僧又陆续修建，使石塔寺的主要建筑有天王殿、大雄宝殿、藏经楼等。民国以来庙房大部被拆除改建。1979年因拓建道路，唐代石塔圈入路心绿化带，围栏保护。路亦得名石塔路。1987年，将楠木楼从后院南移重建。