在门楼的东侧“祝圣事”内立有元至正十年（公元1350年）、明万历二卜七年（公元1609年）重修清净寺的碑记，是研究泉州伊斯兰教的重要物证。寺内有明成祖于永乐五年（公元1407年）颁发保护清净寺和伊斯兰教的《效谕》石刻一方，极为珍贵。清净寺是我国与阿拉伯各国人民友好往来和文化交流的历史见证，也是泉州海外交通的重要史迹。

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