元代,寺内建有七级浮图,明嘉靖时,又增建檀樾祠,但屡遭兵焚,历代屡经修葺.现存寺宇是清康熙三十年(l692年)重修的.寺内有七座宋代石塔及石经幢.大雄宝殿前有两口“放生池”,池旁有两座“飞来塔”.关于这两塔的来历,也有一段神话传说.相传当年有一名台湾游方和尚双手托着两座塔,四方化缘.一天,双塔不翼而飞.后来佛祖托梦给他,说他只有找到宝刹,找到真正的立身之地,双塔方能回归.后来,这位台湾的和尚到泉州找到宝刹承天寺后,到该寺定居.不久，果然双塔飞来.耸立在大雄宝殿前.由此取名“飞来塔”。