1981年11月中国社会科学院世界宗教研究所佛学家罗焰在洞内研修之际，於原地面拜石下五厘米处，发现一方石，下有一洞穴，内存石函、银函、玉函等，均以函函相套的方式加以密封。一号白玉石函，函盖上刻有172个字，函内还刻有83字铭文。这些文字记述了明代万历二十年(1592年)间，在石经山首次发现隋代所藏佛舍利情况。二号青石函，较上函略小;函盖上刻有“大隋大业十二年岁次丙子四月十已朔八日甲子於此函内安置佛舍利三粒原住持永劫”36字铭文。说明佛舍利在这里已珍藏l300年之久。三号汉白玉石函，有楔状抽斗盖，上有“佛舍利”以及上下款共26字。四号镀金银函，四周有青龙、白虎、朱雀、玄武四种刻线图案，盖上有花卉图案，内有木质彩绘香珠一颗、珍珠11颗。五号白玉函十分精巧，长宽各12厘米，高17厘米，里面放有两粒赤色小米粒大小的佛舍利，旁边还伴有两颗珍珠。

    关於这些佛舍利的来历，据记载:隋文帝曾从一印度僧人处得到佛舍利，并於仁寿元年(601年)、仁寿二年(602年)、仁寿四年(604年)三次向全国各州颁发佛舍利，地处幽州的弘业寺和智泉寺皆有幸得到。而这两寺都距云居寺不很远。同时，云居寺创始人静碗法师原本是智泉寺僧人，是佛教天台宗慧思弟子，所似很可能当时皇帝也赐给了云居寺佛舍利。《憨山大师梦游集》和《帝京景物略》中曾记载明万历二十年在云居寺石经山雷音洞发现了三粒佛舍利。当时万历皇帝的母亲笃信佛教，於

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