1990~1996年间，澳门政府对圣保禄教堂遗址进行考古、修复及再利用工程，由葡国建筑师负责策划和设计，多位考古学家、历史学家和博物馆学家参加工作，耗资二千多万元，经5年考古、勘察及营造，并建成一博物馆，于1996年10月间落成，大三巴牌坊因而得到完善的保存。

建筑描述：
　　大三巴牌坊的建筑由花岗石建成，宽23米，高25.5米，上下可分为五层，自第三层起往上逐步收分至顶部则是一底边宽为8.5 米之三角形山花，整个墙壁是巴洛克式，但一些设计或雕刻，却具有明显的东方色彩，如中文或象征日本传统的菊花圆形等图案，这座中西合壁的石壁在全世界的天主教堂中是独一无二的。

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